在早期的IP-MS实验中，往往通过蛋白成分鉴定的方式筛选互作蛋白。即通过质谱检测分别获得实验组和对照组样品的蛋白鉴定列表，将实验组中鉴定到而对照组中未鉴定到的蛋白筛选为靶标蛋白的互作蛋白。