使用 SpatialGlue 从空间多组学中解读空间域,Nature Methods - X …
为了充分发挥此类数据的潜力，我们需要空间信息方法来进行数据集成。. 在这里，我们介绍 SpatialGlue，一种具有双重注意机制的图神经网络模型，通过空间位置和组学测量的组内集成以及跨组学集成来破译空间域。. 我们在使用不同技术（包括空间表观基因组 ...
Nat Commun | Spatial-ID：通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分 …
2022年12月10日 · 腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队， 开发了一种基于自监督学习的空间转录组（spatially resolved transcriptomics，SRT）细胞注释方法Spatial-ID（SPATIAL cell type IDentifification），它集成了迁移学习和空间嵌入策略。. 该方法通过 迁移学习从已有的单细胞 …
科学家利用SpatialGlue从空间多组学中解密空间域
2024年6月21日 · 研究人员介绍了一种具有双重关注机制的图神经网络模型——SpatialGlue，该模型通过对空间位置和组学测量进行组内整合，然后进行跨组学整合，从而解密空间域。
空间域：空间组学的耶路撒冷 - 知乎 - 知乎专栏
2024年1月29日 · 目前有很多识别空间域的算法，基本上可以分为两类：①基于空间远近的基因表达的相似度聚类；②联合组织学图像。 空间远近： patial domains in Squidpy [Palla et al., 2022]
Seurat包学习笔记（三）：Analysis of spatial datasets - 知乎
鉴定空间可变基因（Spatially Variable Features） Seurat提供了两种工作流程来识别与组织内空间位置相关的分子特征。 第一种方法，可以基于组织内预先标注的解剖区域进行差异表达分析，这可以从非监督聚类或先验知识中确定。
Self-directed self-assembly of nanoparticle/copolymer mixtures
Here we show that mixtures of diblock copolymers and either cadmium selenide- or ferritin-based nanoparticles exhibit cooperative, coupled self-assembly on the nanoscale. In thin films, the copolymers assemble into cylindrical domains, which dictate the spatial distribution of the nanoparticles; segregation of the particles to the interfaces ...
stMMR: accurate and robust spatial domain identification from spatially …
在乳腺癌和肺癌中，stMMR 清楚地描绘了肿瘤微环境，并确定了与诊断和预后相关的标记基因。. 总体而言，stMMR能够有效地利用各种SRT数据的多模态信息来探索和表征稳态、发育和肿瘤的组织结构。. Deciphering spatial domains using spatially resolved transcriptomics (SRT) is of ...
Multi-modal domain adaptation for revealing spatial functional ...
2024年5月31日 · In this study, to meet such a challenge, we propose multi-modal domain adaption for spatial transcriptomics (stMDA), a novel multi-modal unsupervised domain adaptation method, which integrates gene expression and other …
Nature子刊：李明瑶团队提出空间转录组数据分析的新算法SpaGCN|SpaGCN|空间…
2021年10月28日，美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院生物统计系李明瑶教授课题组（博士生胡健为第一作者）在 Nature Methods 期刊上发表了题为：SpaGCN: Integrating gene expression, spatial location and histology to identify spatial domains and spatially variable genes by graph convolutional network ...
刘瑜教授、王劲峰研究员等国内外学者发文揭示地理分析中的空间效应-北京空间 …
2024年1月5日 · 在GeoAI中，对于空间显式(Spatially-Explicit)模块的设计尤为关键，这涉及到考虑空间依赖、距离衰减、空间异质性、尺度等空间效应的更加灵活的模型先验假设。